Narodil se v sandoměřském vojvodství v Polsku. V 18 letech vstoupil do jezuitského noviciátu ve Vilně, který založila jeho rodina. Po vysvěcení v r. 1622 se věnoval hlásání Božího slova a vedení Mariánské družiny; později se stal představeným řádového domu v běloruském městě Bobrujsk. Stal se tam známým svou obětavou péčí o nemocné a umírající hlavně v době moru. V posledních dvaceti letech svého života procházel a projížděl celé území Litvy a Běloruska a působil jako horlivý a neúnavný misionář. Díky své důkladné teologické přípravě, výmluvnosti a osobnímu příkladu získával pro katolickou víru celé (až doposud pravoslavné) vesnice a probouzel k horlivějšímu náboženskému životu i mnoho vlažných katolíků. Pravoslavní tohoto „lovce duší“, jak ho nazývali, neměli rádi a jejich nenávist s jeho množícími se úspěchy přerostla až v otevřené pronásledování. Litva a Bílá Rus prožívaly v té době velmi bouřlivé období svých dějin, zejména po náboženské stránce. Pravoslavní vyhlásili neúprosný boj proti tzv. uniatům (věřící sjednocení s Římem), které považovali za zrádce a odpadlíky a všemožně jim ztrpčovali život. Ale i přesto Ondřej Bobola a jiní misionáři získávali ke katolické víře nové stoupence a věřící. Poměry se značně zhoršily, když v r. 1649 vypuklo na Ukrajině povstání záporožských kozáků, vedené Bohdanem Chmělnickým, které se přeneslo i na sousední Bílou Rus. Bandy kozáků a vzbouřivších se venkovanů projížděly křížem krážem celou oblast a vyhledávaly hlavně katolíky a uniaty. Mnoho kněží, řeholníků i prostých věřících jim padlo za oběť a zaplatilo životem za svou věrnost katolické víře.
Tento osud stihl v roce 1657 i Ondřeje. Padl do rukou kozáků poblíže městečka Janowa právě ve chvíli, kdy končil mši svatou. Kozáci byli radostí celí bez sebe, že se jim konečně podařilo „ulovit“ známého „lovce duší“. Tuto radost projevili sobě vlastním způsobem: ihned ho zmučili tak krutě, že z nebohého jezuitského misionáře zbyl nakonec jen beztvarý krvácející kus masa. Jeho tělo bylo uloženo v kolegiátním chrámu v Pinsku, kde se přicházeli mnozí (i pravoslavní) věřící modlit a dostávalo se jim vyslyšení. V roce 1808 byla rakev s jeho dosud stále neporušeným tělem přenesena do Polocku a tam zůstala až do r. 1922. V sovětském Rusku tehdy řádil hlad a bolševici, aby si opatřili zlato na nákup obilí v cizině, zabavovali cenné předměty v chrámech a svatyních. Sebrali proto i drahé kovy, jimiž bylo ozdobeno Bobolovo tělo a rakev, a obojí pak dali převézt do jednoho lékařského muzea v Moskvě – asi proto, že světcovo tělo zůstávalo stále neporušené. Katolický svět byl ovšem tímto počínáním pobouřen. V r. 1923 dva severoameričtí jezuité, otcové Gallaghera Walsh, členové tehdejší papežské komise na pomoc hladovějícím v Rusku, požádali jménem Pia XI. sovětskou vládu o povolení odvézt Bobolovy ostatky ze sovětského Ruska a zajistit jim tak důstojnější místo posledního odpočinku. Vláda jim vyhověla a rakev s Bobolovým tělem byla pohřbena nejprve prozatímně ve vatikánské Matyldině kapli a o něco později v římském, jezuitům svěřeném chrámu Del Jesu u oltáře sv. Františka Xaverského. Sv. Ondřej Bobola je dnes jedním z patronů Polska.