Narodil se 9. března 1568 jako syn hraběte Ferdinanda z Gonzagy na rodinném zámku Castiglione u Mantovy v Horní Itálii. Otec chtěl mít ze syna válečníka, matka ho vychovávala ve zbožnosti a bázni Boží. Ve věku deseti let složil Alois, jako páže u dvora ve Florencii, slib ustavičné čistoty. Silně ovlivněn osobností kardinála sv. Karla Boromejského v Miláně, od něhož Alois přijal ve svých dvanácti letech první svaté přijímání, zrálo v něm rozhodnutí vzdát se práv prvorozence na majetek ve prospěch svého bratra Rudolfa, zříci se celého dědictví a sloužit jen Bohu. Přes odpor svého otce vstoupil ve svých 17 letech (1585) v Římě do noviciátu Tovaryšstva Ježíšova a po dvou letech složil sliby. Všechno své další úsilí věnoval studiím a péči o těžce nemocné. Během těžké morové epidemie v Římě se Alois všemožně staral o nemocné, až se nakonec sám nakazil morem. V době jeho nemoci se o něho staral sv. Robert Bellarmin, který později dosvědčil jeho svatost. Alois zemřel 21. června 1591; bylo mu teprve 23 let. Jeho ostatky se nacházejí v kostele sv. Ignáce z Loyoly v Římě. Je patronem mládeže a studentstva.