Narodil se r. 1510 jako syn vévody z Gandíe ve španělské provincii Valenciea Jany z Aragonie. V 17 letech vstoupil do dvorní služby Karla V. a jeho manželky Izabely; tam František poznal i svou pozdější manželku Eleonoru de Castro, Izabelinu dvorní dámu. V r. 1539 se jeho život zásadně změnil. Spoluprožil předčasnou smrt Izabely a byl hluboce otřesen uvědoměním si pomíjivosti lidského života. Výsledkem bylo, že se rozhodl zasvětit celý svůj další život Bohu. Avšak krátce na to byl jmenován vicekrálem Katalonie a musel zprvu všecky své plány odsunout. Po čtyřech letech se František představil Ignácovi z Loyoly a tajně si u něho vykonal exercicie. Když v r. 1546 ovdověl, vstoupil, aniž se o tom kdo dověděl, do jezuitského řádu. František měl se svou manželkou osm dětí; chtěl tedy napřed vidět svou rodinu zaopatřenou a uspořádat své vládní záležitosti, než oznámí svůj krok. Tak žil v nitru svého srdce po čtyři roky jako řeholník, navenek však jako vévoda Gandíe. Ve svých 40 letech se František „odtajnil“ ; roku 1551 přijal kněžské svěcení. Ve své funkci generálního komisaře od roku 1554 velmi přispěl k vývoji jezuitského řádu ve Španělskua a podporoval Tovaryšstvo Ježíšovo také při novém zakládání v jiných zemích. Po mnoha radostech ale i četných útocích od závistivých a nepřejících protivníků byl František de Borgia v r. 1565 zvolen třetím řádovým generálem jezuitů. Sedm let vykonával vévoda a řeholník pro řád velké věci. Za něho se Tovaryšstvo Ježíšovo uchytilo především ve Střednía Jižní Americe. Po naplněném životě zemřel František de Borgia 1. října 1572 v Římě. Svůj poslední odpočinek našel v jezuitském kostele v Madridě. Za svatého ho prohlásil papež Klement X. v roce 1671.