Byl synem nimwegenského starosty ve vévodství Geldernu, jež tehdy patřilo k německé říši, a byl poslán na univerzitu v Kolíně nad Rýnem, aby se stal právníkem. Obrátil se však k teologii a dostal se pod vliv slavného jezuity Petra Favra. Roku 1543 vstoupil jako první Němec do Tovaryšstva Ježíšova. Zúčastnil se tridentského koncilu, strávil šest měsíců v Římě se sv. Ignácem, vyučoval na první jezuitské škole v Messině na Sicílii a reformoval univerzitu v bavorském Ingolstadtu. Odtud byl vyslán do Vídně, kde se stal skutečnou náboženskou autoritou. Vždy dbal na upevnění katolické víry v konfrontaci s protestantismem. Roku 1556, kdy byl jmenován provinciálem jezuitů v jižním Německu, Rakousku a Čechách, přivedl do Prahy do opuštěného kláštera u kostela sv. Klementa 12 jezuitů. Kromě Prahy působil v Augsburku, v Mnichově, v Innsbrucku a nakonec ve Fribourgu, kde zemřel. S nesmírnou energií zakládal školy, semináře, kázal, psal a konal misijní cesty. Významně se zasloužil o obnovu katolictví po tridentském koncilu a vykonal mnohem víc než kdokoli jiný pro zachování katolicismu v jižním Německu. Třikrát mu byla nabídnuta hodnost vídeňského biskupa, třikrát ji odmítl. Nejznámějším dílem Petra Kanisia je jeho trojdílný katechismus pro žáky a studenty různého věku, který dosáhl jen do jeho smrti 200 vydání. Při kanonizaci v roce 1925 byl zároveň prohlášen církevním učitelem.